I debatten efter Ulf Ekmans avhopp till katolska kyrkan har en del kritik mot frikyrkans kyrkosyn kommit, både från katolskt håll och från katolikvänligt håll: Hur kan man ha en kristendom utan att ha ett officiellt huvud (dvs den historiska kyrkan) som avgör vad som är och inte är kristet, renlärigt osv? Det verkar så kaotiskt om vem som helst kan starta upp en egen variant och kalla den kristendom. Och sedan Sv Kyrkan och andra liberaler dessutom har legitimerat den fria omtolkningen av bibelordet efter eget tycke, återstår inte ens sola scriptura som protestanternas eget rättesnöre.
Det som frikyrkan, med baptister och pingstvänner i spetsen, föreslår är att Kyrkan som Jesus startade inte är identisk med den kyrkliga organisation som växte fram och så småningom blev den katolska kyrka som Luther och andra sedermera kritiserade. Istället är definitionen av Kyrkan de människor som har fötts på nytt av Gud och som därmed har blivit Kristi kropp på jorden (vilken då inte är identisk med den katolska kyrkan). Det som sammanför dessa individer är då inte tillhörigheten till en synlig organisation, utan att de alla har del av Guds heliga ande. Man kan likna det vid att kvinna är man inte för att man tillhör kvinnoföreningen, utan för att man har del av de kvinnliga generna, oavsett vilken förening man tillhör.
